W latach 1937 – 1938 Moskwa szczegółowo zaplanowała i zarządziła ludobójstwo, w którym szczególnie ucierpieli Polacy na sowieckiej Białorusi i Ukrainie. Działania takie miały za podstawę rozkaz operacyjny nr 00485 podpisany 11 VIII 1937 roku przez Jeżowa. Tak w połowie lat 90. pisał białoruski autor Jewgienij Gorelik: „Dziś dla nikogo nie jest już sekretem fakt, że aresztowano, z reguły, grupami, bardzo często całymi rodzinami, wyłącznie z powodu polskiego brzmienia imion lub nazwisk. Wystarczyło we wniosku o aresztowanie napisać słowo 'Polak', żeby wniosek był natychmiast zatwierdzony przez naczelników, nawet jeśli nie było w nim absolutnie żadnych argumentów, uzasadniających winę potencjalnego 'wroga ludu'”.

Po wkroczeniu Armii Czerwonej na terytorium II Rzeczypospolitej 17 września 1939 roku już w pierwszych tygodniach sowieckiej okupacji dochodziło do aktów zbrodni wojennych i zbrodni przeciw ludzkości. Rozstrzeliwano przede wszystkim polskich jeńców wojennych, a nawet uczniów i harcerzy – ochotników (np. Grodno). Mordowano Polaków – cywilów w celach rabunkowych.

Ludobójstwem, które Sowiety zaplanowały na dłuższy okres czasu, były wywózki ludności cywilnej na tzw. Sybir. Warto wspomnieć jednak, że oprócz Syberii Polacy zostali zsyłani także do Kazachstanu. Ludność polską wywieziono w czterech tzw. ciągach deportacji oraz podczas „nocy Sierowa i Canawy”. Szacuje się, że w tym okresie zesłano od 1,5 do 2 mln ludzi, z czego do 1945 roku przeżyło 554 tys. A oto owe deportacje:

1. noc z 9/10 grudnia 1939 roku (tzw. „noc Sierowa i Canawy”), podczas której wywieziono – przeważnie do więzień 4 805 cywili;

2. I deportacja w nocy 9/10 lutego 1940 roku (wywieziono 320 tys. leśników, osadników – z rodzinami, ich znajomych, sąsiadów oraz niektórych urzędników polskiej administracji);

3. II deportacja z 13 kwietnia 1940 roku (wywieziono blisko 330 tys. represjonowanych Polaków – głównie rodzin, znajomych i przyjaciół skazanych na śmierć w 5 „Katyniach”);

4. III deportacja w nocy 28/29 czerwca 1940 roku (z aktywną pomocą repatriacyjnych komisji niemieckich, dzięki którym Sowieci dysponowali dokładnymi spisami i adresami – deportowano 420 tys. uciekinierów z Polski centralnej + ok. 15 czerwca 1940 roku oddzielnie deportowano 185 tys. Żydów);

5. IV deportacja z 20 czerwca 1941 roku (wywieziono ok. 300 tys. osób. Tylko nieliczni zbiegli po zbombardowaniu pociągów deportacyjnych przez Niemców 22 czerwca 1940 roku pod Mińskiem oraz w rejonie Berdyczowa i Żytomierza).

Wywózki te odbywały się w skandalicznych warunkach higienicznych oraz wbrew wszelkim wartościom humanitarnym. Deportowani mieli tylko od 15 do 20 minut na spakowanie swojego dobytku. Czasami, jeśli konwojentom bardzo się śpieszyło, czas ten ulegał skróceniu. Każdy mógł zabrać jedną walizkę o wadze nie przekraczającej 10 kg. Ludzi stłaczano w wagonach przeznaczonych do przewozu bydła z zadrutowanymi małymi okienkami pod dachem. W kącie wagonu stał mały piecyk, tzw. koza. Opału było bardzo mało albo wcale. Za sanitariat uznana została wycięta w podłodze dziura. Cały skład zatrzymywał się bardzo rzadko i to najczęściej w szczerym polu. Pozwalano wtedy oczyszczać wnętrze wagonu z ciał zmarłych oraz rozdawano gorącą wodę tzw. kipiatok.

Wycieńczeni taką podróżą ludzie przybywali do łagrów, kolonii pracowniczych lub kołchozów, w których panowały równie ciężkie warunki. Jak wielką liczbę istnień ludzkich pochłonął Sybir obrazuje fakt, że z 3 tys. Polaków zesłanych do łagrów na Czukotce nie przeżył nikt. Pomimo tego strona rosyjska dalej nie jest skłonna do uznania tego za zbrodnie genocydu.